El 28 de diciembre de 2006, casi inmediatamente después de ser favorecidos por la Fiscalía en el caso ABN Amro, Papo Morales y Édgar David Lomaquis González (ahora desaparecido, presuntamente asesinado), fueron denunciados por tentativa de homicidio contra una pareja, en Asunción.
El 10 de abril de 2008, Papo Morales fue imputado por los fiscales María Teresa Aguirre y Arnaldo Giuzzio en dos causas distintas por adulteración de cheques y efectivización de talonarios correspondientes, por ejemplo, a los ministerios de Educación y de Agricultura.
La fiscala Alba Delvalle también imputó el 14 de mayo de 2008 a Papo Morales porque adulteró un cheque de G. 678.000 de la empresa Conti Paraguay SA y retiró G. 271 millones de dicha cuenta.
Por este hecho, Papo y su cómplice Fredy Román Riquelme Frutos fueron condenados a cinco años, el 10 de diciembre de 2010, pero prácticamente ya no pisaron la cárcel.
Tras ocho años de chicanas, Morales fue recapturado el 4 de enero de 2017 y condenado por segunda vez.
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