El titular de la entidad es de confesión evangélica y renovó un convenio con la organización Funda Joven, cuyos pastores evangélicos dan conferencias a docentes de instituciones educativas públicas.
El primer convenio con esta fundación se firmó en el 2017, con la gestión del ex ministro Enrique Riera, quien en una ocasión se ofreció a quemar libros sobre género en una plaza. Entonces, el encargado de las charlas era el pastor Antonio Morel, de la Asociación de Iglesias Evangélicas del Paraguay. Los estudiantes criticaron la gestión de Petta en una conferencia brindada, luego de levantar tomas de colegios y exigir la salida del ex director de la Patrulla Caminera. Incluso anunciaron que tomarían otras medidas de no darse el cambio de timón en la cartera educativa.
Los jóvenes tomaron el Colegio Nacional Presidente Franco y el Técnico Nacional, en reclamo del juicio político al Ejecutivo por el acuerdo secreto de Itaipú.
Esquivando las críticas, Petta defiende abiertamente la injerencia de su religión en la educación, mediante las redes sociales. Ante la consulta de un periodista en Twitter, citó el artículo 74 de la Constitución Nacional: “Se garantiza el derecho a aprender y la igualdad de oportunidades al acceso a beneficios de la cultura humanística, la ciencia y la tecnología, sin discriminación. Se garantiza igualmente la libertad de enseñar sin más requisitos que la idoneidad y la integridad ética, así como el derecho a la educación religiosa y el pluralismo ideológico”.
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