Luego de tres años, confirma fallo del Tribunal de Cuentas, Primera Sala, que prescribió el reclamo del Estado paraguayo para cobrar a la firma el crédito fiscal obtenido, según Hacienda, con facturas falsas.
Según la Subsecretaría de Estado de Tributación del Ministerio de Hacienda, entre los años 1999 al 2001, la firma Pasex SA percibió un crédito fiscal por la citada suma, pero luego se determinó que las facturas por las cuales se les otorgó el citado beneficio eran falsificadas. El fallo de la Corte fue dictado en forma unánime por los ministros Sindulfo Blanco y Miguel Óscar Bajac, a más del camarista Óscar Paiva Valdovinos, que integró la Sala Penal ante la inhibición de sus miembros.
En enero del 2004, el entonces presidente de la República Nicanor Duarte Frutos había denunciado ante el fiscal general por evasión de impuestos a la firma Pasex SA, por haber obtenido la devolución de montos pagados por la empresa en concepto de IVA, para comprar bienes y servicios para la exportación de sus productos.
Los pedidos se hicieron entre 1999 y 2003, por un monto de G. 21.591.856.008, mediante los créditos tributarios. Incluso, los entonces fiscales Carlos Arregui y César Alfonso imputaron a los directivos de la firma, ya que las facturas eran por operaciones inexistentes.
La investigación fue suspendida, debido a que se declaró la prejudicialidad, que fue ratificada por la Corte. Es más, la Sala Constitucional del Máximo Tribunal incluso dispuso devolver todos los registros contables de la firma, dejando a la Fiscalía sin pruebas.
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