Durante las inundaciones y desplazamiento de poblaciones grandes, suelen suscitarse situaciones con las mascotas desplazadas, que pueden afectar a su salud y la humana. En Ñemmbucú la brigada del departamento de Zoonosis llevó a cabo una jornada de vacunación antirrábica en los albergues pilarenses.
Algunas enfermedades asociadas a las inundaciones, en varias especies de animales, son: leptospirosis, diarreas, micotoxicosis, parasitosis, miasis o bicheras. La mayoría de estas enfermedades pueden contagiarse por falta de una correcta higiene y deposición de residuos, además de la falta de vacunación y cuidados de los animales.
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