El 19 de junio de 2016, Cerro Porteño fue campeón de la Libertadores de Futsal.
Cerro Porteño en Futsal FIFA acaparó todos los títulos en la Liga Premium de Futsal FIFA, torneo que se constituyó hace seis años sustituyendo a la División Honor, que hoy pasó a ser la segunda categoría en esta disciplina. El Ciclón cosechó seis títulos oficiales, cuatro Ligas Nacionales y una Copa Paraguay. Pero sin duda, la máxima conquista que alcanzó fue la CONMEBOL Libertadores, en el año 2016, cortando la hegemonía de los equipos del Brasil.
Con las seis estrellas logradas en la Liga Premium de Futsal FIFA, el Azulgrana desplazó a los equipos del Deportivo Recoleta y Exa CNC, ganadores de cinco títulos en el historial del campeonato, que se fundó un 25 de mayo de 1988 denominado primeramente Fútbol 5 y posteriormente Futsal FIFA.
El primer título oficial obtenido por Cerro Porteño fue en el año 2010, dejando atrás al Club Coronel Pablo Rojas. A la temporada siguiente, ganó el Apertura 2011 pero luego perdió ante Pablo Rojas, ganador del Clausura, por el campeonato absoluto. A partir de ahí fue gran animador de los campeonatos organizados por la APF. Tras la disputa de la primera edición de la Liga Premium de Futsal FIFA, Cerro Porteño comenzó su supremacía coronándose de manera sucesiva en 2015, 2016, 2017, 2018 y 2019, derrotando a los equipos de AFEMEC, Sport Colonial y Olimpia.
Cerro Porteño rompió la racha ganadora de los equipos brasileños al consagrarse campeón por primera vez de la CONMEBOL Libertadores Futsal FIFA que se disputó en Asunción. El equipo de barrio Obrero trasladó su dominio a nivel local codeándose con los mejores de Sudamérica.
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