La institución albinegra cumple 14 años.
Sus orígenes están en la histórica Liga Santaniana de Fútbol, campeón en dos oportunidades del Torneo Nacional de Interligas en las temporadas 1985/1986 y 2008/2009. Tras ganar el campeonato Pre-Intermedia, que le dio la oportunidad de disputar el torneo de la segunda categoría del fútbol paraguayo, el 27 de febrero del 2009, se fundó el Club Deportivo Santaní.
El conjunto albinegro desde su primera temporada en la Intermedia se convirtió en uno de los principales animadores del campeonato, respaldado por su gran afición. En la temporada 2014, el elenco santaniano logró el ansiado ascenso a la Primera División, siendo el tercer equipo que llegaba a la máxima categoría formado a partir de una selección del interior del país.
Después de su participación en la divisional principal en el año 2015, Santaní le tocó nuevamente jugar en la Intermedia, donde en el año 2017 retornó al círculo privilegiado de nuestro fútbol. En el 2018, el cuadro del departamento de San Pedro logró un hito histórico al clasificar por primera vez para una competencia internacional, que fue la CONMEBOL Sudamericana.
En el 2019, el equipo del Tapiracuái se estrenó en la Sudamericana enfrentando el renombrado Once Caldas de Colombia, campeón en la Libertadores del 2004. Tras igualar en la ida en el estadio De los Defensores del Chaco 1-1 consiguió un gran triunfo en suelo colombiano 2-0, siendo la victoria más resonante en su historia.
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