La auditoría del gobierno de Fernando Lugo, realizada en el 2011 a la administración de Efraín Alegre, entonces ministro de Obras Públicas, detectó varias
La auditoría del gobierno de Fernando Lugo, realizada en el 2011 a la administración de Efraín Alegre, entonces ministro de Obras Públicas, detectó varias irregularidades en el pago de jornales y honorarios profesionales en la institución pública y en los legajos de los funcionarios, que suman alrededor de US$ 4,5 millones. Esto hace sospechar de la existencia de planilleros en la época del liberal, según la publicación del diario La Nación/Nación Media.
Conforme al informe final de carácter reservado, en el MOPC existían legajos de pago de jornales incompletos. Durante la auditoría especial fueron visualizados legajos de jornales por un monto total de G. 2.228.650.807 en el 2010, y G. 954.337.937 entre enero y junio del 2021, ascendiendo a un total de G. 3.182.988.744, que no presentaron el total de la documentación exigida por la Contraloría General de la República.
En el material confidencial se citan los casos de funcionarios que percibían salarios comprendidos entre G. 1 millón y G. 1 millón y medio, pero que no tenían la documentación exigida tales como certificado de disponibilidad presupuestaria, orden de transferencias bancarias, factura, contrato de prestación de servicios, entre otras.
También durante el trabajo de auditoría se hallaron legajos de pago de jornales sin factura por G. 556.390.000, además de planillas de liquidación de salarios sin firmas de los responsables y de los funcionarios remunerados; y comprobantes de retención de IVA-renta sin firma del jefe de ejecución.
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