Villamayor fue acusado por Ladislaa viuda de Aguilar, de haber contratado a su marido Gumercindo Aguilar, para brindar declaraciones falsas e involucrar a Lino Oviedo en el atentado del ex vicepresidente Luis María Argaña, entre otras cosas.
En el 2005, Álvaro Lasso, en aquel entonces representante de la firma Grupanor, demandó al Estado por incumplimiento de contrato, y Paraguay perdió la demanda y lo despojaron de más de US$ 2.000.000. Las mismas personas, pero ya en representación de Ivesur, demandaron a la Municipalidad de Asunción también por incumplimiento de contrato, y exigieron la suma de US$ 9 millones, que luego aumentó a US$ 12 millones. En ambos casos fueron representados por Juan Ernesto Villamayor.
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