Además de obtener la candidatura presidencial, la disidencia colorada también se impuso en seis de las 17 gobernaciones departamentales tras las internas de la ANR. El cartismo no pudo vencer en Guairá, donde sigue instalada una crisis política; en Alto Paraná, feudo de los Zacarías Irún ni en San Pedro, donde la población se hartó de Perla de Vázquez. Lo mismo ocurrió en Caaguazú, Amambay y Canindeyú, que son muy populosas.
En Guairá, el concejal de Villarrica Juan Carlos Vera (Lista 3) obtuvo un total de 27.953 votos mientras que su competidor, el diputado cartista Pedro Britos (Lista 2), alcanzó 20.447.
En Caaguazú, Édgar Olmedo (Lista 3) juntó 39.881 votos mientras que el exministro de la Juventud Marcelo Soto (Lista 2) pudo juntar 38.880.
Una de las derrotas más significativas y catastróficas para el cartismo se dio en Alto Paraná, histórico feudo del clan Zacarías Irún.
Esta vez, el disidente Roberto González Vaesken (Lista 3) obtuvo 38.725 votos superando al diputado oficialista Elio Cabral (Lista 2A), quien reunió 35.209 votos.
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