Entre las acusaciones figuran también persecución a inocentes durante su desempeño como titular de Obras Pública
Incluso la Juventud Liberal, liderado por Derlis Larroza, había denunciado que sus integrantes fueron perseguidos por Alegre, a raíz de solicitar el presupuesto destinado a su sector. A la lista de denunciantes contra la supuesta persecución realizada por el liberal se encuentran los diputados Édgar Ortiz, María Carísimo, Ramonita Mendoza, así los senadores Fernando Silva Facetti, Zulma Gómez, Blanca Fonseca, incluso el ex precandidato a la presidencia y actual jefe de campaña de Alegre, Carlos Mateo Balmelli, le había solicitado que "deje de odiar a los llanistas".
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