A los 41 años, después de tres Mundiales y de haber sido capitán en los equipos grandes del país, Bonet colgó los botines.
Carlos Bonet le puso fin a su dilatada carrera, en la que demostró siempre compromiso y profesionalismo. El lateral derecho, histórico de la selección paraguaya, debutó en 1997, con la camiseta del club Sol de América.
Para la temporada siguiente, partió al fútbol argentino, en donde se sumó al plantel de Atlético Rafaela. En el 2001 regresó al país y se incorporó a Libertad, equipo con el que se consagró campeón del fútbol paraguayo en tres ocasiones.
En el 2007 fue al fútbol mexicano, adquirido por el Cruz Azul y, para el 2009, acordó su arribo a Olimpia. Fue capitán del Decano y, un año después, regresó al Gumarelo.
En julio de la temporada 2012, se convierte en nuevo jugador de Cerro Porteño. Con la camiseta azulgrana, logró dos títulos, que son el torneo Clausura 2013 y el Apertura 2015.
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