Encarnación nació como parte de los 30 pueblos jesuíticos o reducciones jesuíticas, fundadas por los misioneros de la Compañía de Jesús (jesuitas) entre los años 1609 hasta su expulsión de América, en 1676. Se extendían en los actuales territorios de Paraguay, Argentina y Brasil.
La capital de Itapúa fue fundada por el entonces misionero, y hace 31 años declarado el primer santo paraguayo, Roque González de Santa Cruz, el 25 de marzo de 1615. Durante uno de sus tantos viajes hacia lo profundo del Alto Paraná hizo un alto para descansar en un recodo del río Paraná donde una pequeña isla y la costa formaban una suerte de lago de aguas tranquilas, ideal para atracar su canoa.
Una gran roca instalada sobre lo que es actualmente la bonita costanera de la ciudad de Posadas marca el punto aproximado donde el religioso dejó fundada, sobre la margen izquierda del río, lo que sería la Misión de Nuestra Señora de la Encarnación de Ytapúa. Se cree que la mencionada roca fue rescatada del río y utilizada como punto de referencia del jesuita para fijar el enclave.
La coincidencia de la fecha con el día de la celebración de la Encarnación de la Virgen María y la presencia de la gran roca cuya punta emergía de las aguas del río como una punta de lanza habrían inspirado al religioso para nombrar a la nueva Misión como “Nuestra Señora de la Encarnación de Ytapúa”.
La Misión, sin embargo, no prosperó, debido al hostigamiento de los bandeirantes que realizaban constantes incursiones desde el Brasil para cazar esclavos entre los guaraníes, y la hostilidad de los nativos que no aceptaban ser “reducidos”.
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