En los últimos veinte años, un buen número de funcionarios de Aduanas fueron investigados por corrupción, pero en casi todos los casos lograron blanquearse. Apenas dos funcionarios, Hilarión Osorio y Arnaldo Abegg, excajero y exjefe de cajeros, respectivamente, fueron condenados, en este caso por desvíos de G. 10.000 millones. Los sumarios en la institución en muy pocos casos terminan en castigos.
Una veintena de altos funcionarios de la Administración Nacional de Aduanas fueron denunciados en algún momento por hechos de corrupción. Sin embargo, casi todos lograron eludir tanto a la justicia como los sumarios internos encarados en la institución.
En los registros del Poder Judicial solo una condena por corrupción en Aduanas está firme. Es el caso de Hilarión Osorio y Arnaldo Abegg, excajero y exjefe de cajeros de la institución, respectivamente, procesados y condenados por el desvío de tributos por monto de G. 10.000 millones.
La investigación estuvo a cargo del fiscal René Fernández. Según los antecedentes, la pericia contable determinó que solamente en agosto, setiembre, octubre y noviembre del 2003 fueron desviados G. 6.923.646.008 en Ciudad del Este. Asimismo, se comprobó que en Asunción se desviaron tributos por unos G. 2.500 millones. Osorio y Abegg fueron condenados a 10 años de prisión, comiso de bienes y multa de G. 3.000 millones cada uno.
Otro aduanero juzgado y condenado, pero que luego logró anular su juicio es Leandro Leguizamón Messina, quien sigue formando parte del cuadro de funcionarios de alto rango de la institución. En el 2005 fue condenado a tres años de prisión por enriquecimiento ilegítimo. El tribunal de sentencia integrado por Andrés Casati, Héctor Capurro y Lourdes Cardozo constató un incremento no justificado de G. 2.500 millones en el patrimonio del funcionario público.
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